やはり木造と比較すると価格が高くなることでしょうか。骨組み自体が重く、その骨組みを載せる基礎も頑丈なものを作る必要がある為、そういった所も価格を押し上げる要因となっています。単純に価格で比較すると、『木造<鉄骨造<鉄筋コンクリート造<鉄骨鉄筋コンクリート造』となります。
また前項で頑丈な所がメリットと書きましたが、鉄は錆びる為、錆びない為の防錆処理が必要です。鉄骨は錆びて断面の厚みが減少すると強度に影響があります。
その他、鉄骨は木材のような通気性やコンクリートのような断熱性を持たないため、冷暖房効率がそれほど良くありません。ただし、必要な断熱処理を施せば大丈夫です。